Soluzzjoni Dijanjostika Rivoluzzjonarja għat-TB u d-DR-TB permezz ta' #Macro & Micro-Test!

Arma Ġdida għad-Dijanjosi tat-Tuberkulożi u s-Sejbien tar-Reżistenza għall-Mediċini: Sekwenzar Immirat ta' Ġenerazzjoni Ġdida (tNGS) flimkien mat-Tagħlim Awtomatiku għad-Dijanjosi ta' Sensittività Eċċessiva għat-Tuberkulożi

Rapport tal-letteratura: CCa: mudell dijanjostiku bbażat fuq tNGS u tagħlim awtomatiku, li huwa adattat għal nies b'inqas tuberkulożi batterjali u meninġite tuberkulari.

Titlu tat-teżi: Sekwenzjar tal-ġenerazzjoni li jmiss immirat lejn it-tuberkulożi u tagħlim awtomatiku: strateġija dijanjostika ultra-sensittiva għal tubulari pulmonari pawċifiċi u meninġite tubulari.

Perjodiku: 《Clinica Chimica Acta》

JEKK:6.5

Data tal-pubblikazzjoni: Jannar 2024

Flimkien mal-Università tal-Akkademja tax-Xjenzi Ċiniżi u l-Isptar tas-Sider ta' Beijing tal-Università Medika Kapitali, Macro & Micro-Test stabbilixxew mudell ta' dijanjosi tat-tuberkulożi bbażat fuq il-ġenerazzjoni ġdida ta' teknoloġija ta' sekwenzar immirat (tNGS) u metodu ta' tagħlim awtomatiku, li pprovda sensittività ta' skoperta ultra-għolja għat-tuberkulożi bi ftit batterji u meninġite tuberkulożi, ipprovda metodu ġdid ta' dijanjosi ta' sensittività eċċessiva għad-dijanjosi klinika ta' żewġ tipi ta' tuberkulożi, u għen fid-dijanjosi preċiża, l-iskoperta tar-reżistenza għall-mediċini u t-trattament tat-tuberkulożi. Fl-istess ħin, instab li s-cfDNA tal-plażma tal-pazjent jista' jintuża bħala tip ta' kampjun adattat għal teħid ta' kampjuni kliniku fid-dijanjosi tat-TBM.

F'dan l-istudju, intużaw 227 kampjun tal-plażma u kampjun tal-fluwidu ċerebrospinali biex jiġu stabbiliti żewġ gruppi kliniċi, fejn il-kampjuni tal-grupp dijanjostiku tal-laboratorju ntużaw biex jiġi stabbilit il-mudell tat-tagħlim awtomatiku tad-dijanjosi tat-tuberkulożi, u l-kampjuni tal-grupp dijanjostiku kliniku ntużaw biex jivverifikaw il-mudell dijanjostiku stabbilit. Il-kampjuni kollha l-ewwel ġew immirati minn ġabra ta' sondi ta' qbid immirati ddisinjati apposta għal Mycobacterium tuberculosis. Imbagħad, abbażi tad-dejta tas-sekwenzar tat-TB-tNGS, il-mudell tas-siġra tad-deċiżjonijiet jintuża biex titwettaq validazzjoni inkroċjata ta' 5 darbiet fuq is-settijiet ta' taħriġ u validazzjoni tal-kju dijanjostiku tal-laboratorju, u jinkisbu l-limiti dijanjostiċi tal-kampjuni tal-plażma u l-kampjuni tal-fluwidu ċerebrospinali. Il-limitu miksub jiddaħħal f'żewġ settijiet ta' testijiet tal-kju ta' dijanjosi klinika għad-detezzjoni, u l-prestazzjoni dijanjostika ta' min qed jitgħallem tiġi evalwata permezz tal-kurva ROC. Fl-aħħar nett, inkiseb il-mudell tad-dijanjosi tat-tuberkulożi.

Fig. 1 dijagramma skematika tad-disinn tar-riċerka

Riżultati: Skont il-limiti speċifiċi tal-kampjun tad-DNA tas-CSF (AUC = 0.974) u l-kampjun tas-cfDNA tal-plażma (AUC = 0.908) determinati f'dan l-istudju, fost 227 kampjun, is-sensittività tal-kampjun tas-CSF kienet ta' 97.01%, l-ispeċifiċità kienet ta' 95.65%, u s-sensittività u l-ispeċifiċità tal-kampjun tal-plażma kienu ta' 82.61% u 86.36%. Fl-analiżi ta' 44 kampjun imqabbad ta' cfDNA tal-plażma u DNA tal-fluwidu ċerebrospinali minn pazjenti bit-TBM, l-istrateġija dijanjostika ta' dan l-istudju għandha konsistenza għolja ta' 90.91% (40/44) fis-cfDNA tal-plażma u fid-DNA tal-fluwidu ċerebrospinali, u s-sensittività hija ta' 95.45% (42/44). Fit-tfal bit-tuberkulożi pulmonari, l-istrateġija dijanjostika ta' dan l-istudju hija aktar sensittiva għall-kampjuni tal-plażma mir-riżultati tad-detezzjoni Xpert tal-kampjuni tal-meraq gastriku mill-istess pazjenti (28.57% VS 15.38%).

Fig. 2 Prestazzjoni tal-analiżi tal-mudell ta' dijanjosi tat-tuberkulożi għal kampjuni tal-popolazzjoni

Fig. 3 Riżultati dijanjostiċi ta' kampjuni mqabbla

Konklużjoni: F'dan l-istudju ġie stabbilit metodu dijanjostiku ipersensittiv għat-tuberkulożi, li jista' jipprovdi għodda dijanjostika bl-ogħla sensittività ta' skoperta għal pazjenti kliniċi b'tuberkulożi oligobaċillari (kultura negattiva). L-iskoperta ta' tuberkulożi ipersensittiva bbażata fuq cfDNA fil-plażma tista' tkun tip ta' kampjun adattat għad-dijanjosi ta' tuberkulożi attiva u meninġite tuberkuloża (il-kampjuni tal-plażma huma aktar faċli biex jinġabru milli l-fluwidu ċerebrospinali għal pazjenti suspettati b'tuberkulożi fil-moħħ).

Link oriġinali: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3Dihub

Introduzzjoni qasira tal-prodotti ta' skoperta tat-tuberkulożi tas-serje Macro & Micro-Test

Minħabba s-sitwazzjoni kkumplikata tal-kampjuni tal-pazjenti bit-tuberkulożi u l-bżonnijiet varji, Macro & Micro-Test jipprovdi sett komplut ta' soluzzjonijiet NGS għall-estrazzjoni tal-likwefazzjoni minn kampjuni tal-isputum, il-kostruzzjoni u s-sekwenzar tal-librerija Qualcomm, u l-analiżi tad-dejta. Il-prodotti jkopru dijanjosi rapida ta' pazjenti bit-tuberkulożi, skoperta ta' reżistenza għall-mediċini tat-tuberkulożi, ittajpjar ta' mycobacterium tuberculosis u NTM, dijanjosi ta' sensittività eċċessiva ta' tuberkulożi negattiva għall-batterji u nies bit-tuberkulożi, eċċ.

Kits ta' skoperta serjali għat-tuberkulożi u l-mikobatterji:

Numru tal-Oġġett isem tal-prodott kontenut tal-ittestjar tal-prodott tip ta' kampjun mudell applikabbli
HWTS-3012 Aġent tar-rilaxx tal-kampjun Użat fit-trattament ta' likwefazzjoni ta' kampjuni tal-isputum, kiseb numru ta' rekord tal-ewwel klassi, Sutong Machinery Equipment 20230047. sputum
HWTS-NGS-P00021 Kit ta' skoperta tal-kwantità Qualcomm għal tuberkulożi ipersensittiva (metodu ta' qbid tas-sonda) Sejbien ta' sensittività eċċessiva mhux invażiva (bijopsija likwida) għal tuberkulożi pulmonari negattiva għall-batterji u noduli tal-moħħ; Il-kampjuni ta' nies suspettati li huma infettati bit-tuberkulożi jew mikobatterji mhux tat-tuberkulożi ġew analizzati permezz ta' metagenomika ta' sekwenzjar fil-fond, u ġiet ipprovduta l-informazzjoni ta' skoperta dwar jekk il-mikobatterji tat-tuberkulożi jew mhux tat-tuberkulożi kinux infettati u l-informazzjoni ewlenija dwar ir-reżistenza għall-mediċini tal-ewwel linja tal-mycobacterium tuberculosis. Demm periferali, fluwidu tal-lavaġġ alveolari, idrotoraċi u axxite, kampjun ta' titqiba fil-fokus, fluwidu ċerebrospinali. It-tieni ġenerazzjoni
HWTS-NGS-T001 Kit għat-tajpjar tal-mikobatterju u d-detezzjoni tar-reżistenza għall-mediċini (metodu ta' sekwenzjar ta' amplifikazzjoni multiplex) Test tat-tajping tal-mikobatterju, inklużi MTBC u 187 NTML-iskoperta tar-reżistenza għall-mediċini ta' Mycobacterium tuberculosis tkopri 13-il mediċina u 16-il sit ewlieni ta' mutazzjoni ta' ġeni tar-reżistenza għall-mediċini. Sputum, fluwidu tal-lavaġġ alveolari, idrotoraċi u axxite, kampjun ta' titqiba fil-fokus, fluwidu ċerebrospinali. Pjattaforma doppja tat-tieni/tielet ġenerazzjoni

Punti Ewlenin: HWTS-NGS-T001 Kit għat-tajpjar tal-Mycobacterium u d-detezzjoni tar-reżistenza għall-mediċini (metodu ta' amplifikazzjoni multiplex)

Introduzzjoni tal-prodott

Il-prodott huwa bbażat fuq il-mediċini ewlenin tal-ewwel u t-tieni linja deskritti fil-linji gwida tat-trattament tat-TB tad-WHO, makrolidi u aminoglikosidi komunement użati fil-linji gwida tat-trattament tal-NTM, u s-siti ta' reżistenza għall-mediċini jkopru grupp wieħed kollu ta' siti relatati mar-reżistenza għall-mediċini fil-katalgu tal-mutazzjoni tal-kumpless Mycobacterium tuberculosis tad-WHO, kif ukoll ġeni oħra rrappurtati ta' reżistenza għall-mediċini u siti ta' mutazzjoni skont l-investigazzjoni u l-istatistika ta' letteratura b'punteġġ għoli f'pajjiżek u barra minn pajjiżek.

L-identifikazzjoni tat-tajping hija bbażata fuq ir-razez NTM miġbura fil-qosor fil-linji gwida NTM ippubblikati miċ-Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases u l-kunsens tal-esperti. Il-primers tat-tajping iddisinjati jistgħu jamplifikaw, jissekwenzaw u jannotaw aktar minn 190 speċi NTM.

Permezz tat-teknoloġija ta' amplifikazzjoni tal-PCR multiplex immirata, il-ġeni tal-ġenotipazzjoni u l-ġeni reżistenti għall-mediċini ta' Mycobacterium ġew amplifikati permezz ta' PCR multiplex, u nkisbet il-kombinazzjoni ta' amplikoni tal-ġeni fil-mira li għandhom jiġu skoperti. Il-prodotti amplifikati jistgħu jinbnew f'libreriji ta' sekwenzjar b'rendiment għoli tat-tieni ġenerazzjoni jew tat-tielet ġenerazzjoni, u l-pjattaformi kollha tas-sekwenzjar tat-tieni u tat-tielet ġenerazzjoni jistgħu jiġu soġġetti għal sekwenzjar fil-fond biex tinkiseb l-informazzjoni tas-sekwenza tal-ġeni fil-mira. Billi jitqabblu mal-mutazzjonijiet magħrufa li jinsabu fid-database ta' referenza integrata (inkluż il-katalgu tal-mutazzjoni tal-kumpless tal-Mycobacterium tuberculosis tad-WHO u r-relazzjoni tiegħu mar-reżistenza għall-mediċini), ġew determinati l-mutazzjonijiet relatati mar-reżistenza għall-mediċini jew is-suxxettibilità għal mediċini kontra t-tuberkulożi. Flimkien mas-soluzzjoni ta' trattament ta' kampjuni tal-isputum miftuħa waħedha ta' Macro & Micro-Test, ġiet solvuta l-problema tal-effiċjenza baxxa ta' amplifikazzjoni tal-aċidu nuklejku tal-kampjuni kliniċi tal-isputum (għaxar darbiet ogħla minn dik tal-metodi tradizzjonali), sabiex id-detezzjoni tas-sekwenzjar tar-reżistenza għall-mediċini tkun tista' tiġi applikata direttament għal kampjuni kliniċi tal-isputum.

Firxa ta' skoperta tal-prodott

34ġeni relatati mar-reżistenza għall-mediċini ta'18mediċini kontra t-tuberkulożi u6Instabu drogi NTM, li jkopru297siti ta' reżistenza għall-mediċini; Għaxar tipi ta' Mycobacterium tuberculosis u aktar minn190ġew skoperti tipi ta' NTM.

Tabella 1: Informazzjoni dwar 18+6 Mediċini +190+NTM

Vantaġġ tal-prodott

Adattabilità klinika qawwija: il-kampjuni tal-isputum jistgħu jiġu skoperti direttament b'aġent ta' awto-likwifikazzjoni mingħajr kultura.

L-operazzjoni sperimentali hija sempliċi: l-ewwel rawnd ta' operazzjoni ta' amplifikazzjoni huwa sempliċi, u l-kostruzzjoni tal-librerija titlesta fi 3 sigħat, li ttejjeb l-effiċjenza tax-xogħol.

Ittajpjar komprensiv u reżistenza għall-mediċini: li jkopri s-siti tat-tajpjar u r-reżistenza għall-mediċini ta' MTB u NTM, li huma l-punti ewlenin ta' tħassib kliniku, ittajpjar preċiż u skoperta ta' reżistenza għall-mediċini, appoġġ ta' softwer ta' analiżi indipendenti, u ġenerazzjoni ta' rapporti ta' analiżi b'klikk waħda.

Kompatibilità: kompatibilità tal-prodott, adattament għall-pjattaformi ewlenin tal-ILM u l-MGI/ONT.

Speċifikazzjoni tal-prodott

Kodiċi tal-prodott isem tal-prodott Pjattaforma ta' skoperta speċifikazzjonijiet
HWTS-NGS-T001 Kit għat-tajpjar tal-mikobatterju u d-detezzjoni tar-reżistenza għall-mediċini (metodu ta' amplifikazzjoni multiplex) ONT、Illumina、MGI、Salus pro 16/96rxn

Ħin tal-posta: 23 ta' Jannar 2024