Arma ġdida għad-dijanjosi tat-tuberkulożi u d-detezzjoni tar-reżistenza għall-mediċina: Sekwenzar immirat ta 'ġenerazzjoni ġdida (TNGs) flimkien mat-tagħlim tal-magni għal dijanjosi ta' sensittività eċċessiva tat-tuberkulożi
Rapport tal-Letteratura: CCA: Mudell dijanjostiku bbażat fuq TNGs u tagħlim tal-magni, li huwa adattat għal nies b'inqas tuberkulożi batterika u meninġite tuberkulari.
Titolu tat-Teżi: Sekwenzar tal-ġenerazzjoni li jmiss immirata għal tuberculous u tagħlim tal-magni: Strateġija dijanjostika ultra-sensittiva għal tuburi pulmonari tal-paucific u meninġite tubulari.
Perjodiċi: 《Clinica Chimica Acta》
Jekk : 6.5
Data tal-Pubblikazzjoni: Jannar 2024
Flimkien mal-Università tax-Xjenzi Ċiniżi u l-Isptar tas-Sider ta 'Beijing fl-Università Medika Kapitali, Macro & Micro-Test stabbilixxew mudell ta' dijanjosi tat-tuberkulożi bbażat fuq il-ġenerazzjoni l-ġdida ta 'teknoloġija ta' sekwenzar immirat (TNGS) u metodu ta 'tagħlim tal-magni, li pprovda ultra-għoli Sensittività għall-iskoperta għat-tuberkulożi bi ftit batterji u meninġite tuberkulari, ipprovdiet metodu ta 'dijanjosi ta' sensittività eċċessiva ġdida għad-dijanjosi klinika minn żewġ tipi ta 'tuberkulożi, u għenu d-dijanjosi preċiża, id-detezzjoni tar-reżistenza għall-mediċina u t-trattament tat-tuberkulożi. Fl-istess ħin, jinstab li l-plażma cfDNA tal-pazjent tista 'tintuża bħala tip ta' kampjun adattat għal teħid ta 'kampjuni kliniku fid-dijanjosi ta' TBM.
F'dan l-istudju, 227 kampjun tal-plażma u kampjuni ta 'fluwidu ċerebrospinali ntużaw biex jistabbilixxu żewġ koorti kliniċi, li fihom intużaw il-kampjuni tal-koorti dijanjostiċi tal-laboratorju Mudell dijanjostiku. Il-kampjuni kollha ġew immirati għall-ewwel darba minn ġabra ta 'sonda ta' qbid immirata apposta għal Mycobacterium tuberculosis. Imbagħad, abbażi tad-dejta tas-sekwenzar tat-TB-TNGS, il-mudell tas-siġar tad-deċiżjoni jintuża biex iwettaq validazzjoni inkroċjata ta '5 darbiet fuq is-settijiet ta' taħriġ u validazzjoni tal-kju dijanjostiku tal-laboratorju, u l-limiti dijanjostiċi ta 'kampjuni fil-plażma u kampjuni ta' fluwidi ċerebrospinali huma miksuba. Il-limitu miksub jinġieb f'żewġ settijiet ta 'test ta' kju ta 'dijanjosi klinika għall-iskoperta, u l-prestazzjoni dijanjostika ta' min jitgħallem hija evalwata mill-kurva ROC. Fl-aħħarnett, inkiseb il-mudell ta 'dijanjosi ta' tuberkulożi.
Fig. 1 Dijagramma skematika tad-disinn tar-riċerka
Riżultati: Skond il-limiti speċifiċi tal-kampjun tad-DNA CSF (AUC = 0.974) u kampjun ta 'cfDNA fil-plażma (AUC = 0.908) determinat f'dan l-istudju, fost 227 kampjun, is-sensittività tal-kampjun CSF kienet 97.01%, l-ispeċifiċità kienet 95.65%, u Is-sensittività u l-ispeċifiċità tal-kampjun fil-plażma kienu 82.61% u 86.36%. Fl-analiżi ta '44 kampjun imqabbad ta 'cfDNA fil-plażma u DNA ta' fluwidu ċerebrospinali minn pazjenti TBM, l-istrateġija dijanjostika ta 'dan l-istudju għandha konsistenza għolja ta' 90.91% (40/44) fil-plażma cfDNA u DNA fluwidu ċerebrospinali, u s-sensittività hija 95.45 (42/44). Fi tfal bi tuberkulożi pulmonari, l-istrateġija dijanjostika ta 'dan l-istudju hija aktar sensittiva għall-kampjuni tal-plażma mir-riżultati ta' skoperta ta 'Xpert ta' kampjuni ta 'meraq gastriku mill-istess pazjenti (28.57% vs 15.38%).
Fig. 2 Analiżi Presta
Fig. 3 Riżultati dijanjostiċi ta 'kampjuni paired
Konklużjoni: Metodu dijanjostiku ipersensittiv għat-tuberkulożi ġie stabbilit f'dan l-istudju, li jista 'jipprovdi għodda dijanjostika bl-ogħla sensittività ta' sejbien għal pazjenti kliniċi b'tuberkulożi oligobacillari (kultura negattiva). Sejbien ta 'tuberkulożi ipersensittiva bbażata fuq cfDNA fil-plażma tista' tkun tip ta 'kampjun adattat għad-dijanjosi ta' tuberkulożi attiva u meninġite tuberkulari (kampjuni fil-plażma huma aktar faċli biex jinġabru minn fluwidu ċerebrospinali għal pazjenti suspettati ta 'tuberkulożi tal-moħħ).
Link oriġinali: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009898123004990? Via% 3Dihub
Introduzzjoni qasira ta 'prodotti ta' skoperta ta 'makro & mikro-test tat-tuberkulożi
Fid-dawl tas-sitwazzjoni kkumplikata tal-kampjun ta 'pazjenti tat-tuberkulożi u diversi bżonnijiet, makro u mikro-test jipprovdi sett komplet ta' soluzzjonijiet NGS għall-estrazzjoni ta 'likwifikazzjoni minn kampjuni ta' sputum, kostruzzjoni u sekwenzar tal-librerija Qualcomm, u analiżi tad-dejta. Il-prodotti jkopru dijanjosi rapida ta 'pazjenti ta' tuberkulożi, sejbien ta 'reżistenza għall-mediċini ta' tuberkulożi, ittajpjar ta 'mycobacterium tuberculosis u NTM, dijanjosi ta' sensittività eċċessiva ta 'tuberkulożi negattiva-batterji u nies tuberkuli, eċċ.
Kits ta 'skoperta tas-serje għat-tuberkulożi u l-mikobatterji:
Punt Nru | Isem tal-Prodott | Kontenut tal-ittestjar tal-prodott | tip ta 'kampjun | Mudell applikabbli |
HWTS-3012 | Aġent tar-rilaxx tal-kampjun | Użat fit-trattament ta 'likwifikazzjoni ta' kampjuni ta 'sputum, kiseb numru ta' rekord ta 'l-ewwel klassi, tagħmir ta' makkinarju Sutong 20230047. | sputum | |
HWTS-NGS-P00021 | Kit ta 'skoperta ta' kwantità ta 'qualcomm għal tuberkulożi ipersensittiva (metodu ta' qbid tas-sonda) | Sejbien ta 'sensittività eċċessiva mhux invażiva (bijopsija likwida) għal tuberkulożi pulmonari negattiva-batterji u noduli tal-moħħ; Il-kampjuni ta 'nies suspettati li huma infettati bit-tuberkulożi jew mikobatterji mhux tuberkulożi ġew analizzati permezz ta' metagenomiċi ta 'sekwenzar ta' fond għoli, u l-informazzjoni ta 'skoperta ta' jekk it-tuberkulożi jew il-mikobatterji mhux tuberkulosi ġew infettati u l-informazzjoni ewlenija tar-reżistenza għall-ewwel linja dwar il-mycobacterium tuberculosis ġew ipprovduti. | Demm periferali, fluwidu tal-ħasil alveolari, hydrotorax u axxite, kampjun ta 'titqib tal-fokus, fluwidu ċerebrospinali. | It-tieni ġenerazzjoni |
HWTS-NGS-T001 | Kit tal-Ittajpjar MyCobacterium u Sejbien tar-Reżistenza għall-Droga (metodu ta 'sekwenzar ta' amplifikazzjoni multiplex) | Test tal-ittajpjar Mycobacterium, inklużi MTBC u 187 NTM;Id-detezzjoni tar-reżistenza għall-mediċina ta 'Mycobacterium tuberculosis tkopri 13-il mediċina u 16-il siti ta' mutazzjoni tal-qalba ta 'ġeni tar-reżistenza għall-mediċina. | Sputum, fluwidu tal-ħasil alveolari, hydrotorax u axxite, kampjun ta 'titqib tal-fokus, fluwidu ċerebrospinali. | Pjattaforma doppja tat-tieni / it-tielet ġenerazzjoni |
Punti ewlenin: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium ittajpjar u kit ta 'skoperta ta' reżistenza għall-mediċina (metodu ta 'amplifikazzjoni multiplex)
Introduzzjoni tal-Prodott
Il-prodott huwa bbażat fuq il-mediċini ewlenin tal-ewwel u tat-tieni linja deskritti fil-linji gwida tat-trattament tat-TB, makrolidi u aminoglikożidi użati komunement fil-linji gwida ta 'trattament NTM, u s-siti tar-reżistenza għall-mediċini jkopru grupp wieħed ta' siti relatati mar-reżistenza għall-mediċini fil-post Min Mycobacterium tuberculosis kumpless katalgu ta 'mutazzjoni, kif ukoll ġeni oħra rrappurtati ta' reżistenza għall-mediċina u siti ta 'mutazzjoni skond l-investigazzjoni u l-istatistika ta' Letteraturi ta 'punteġġ għoli fid-dar u barra.
L-identifikazzjoni tal-ittajpjar hija bbażata fuq ir-razez NTM mqassra fil-linji gwida NTM ippubblikati mill-Ġurnal Ċiniż tat-tuberkulożi u l-mard respiratorju u l-kunsens ta 'esperti. Il-primer tal-ittajpjar iddisinjati jistgħu jamplifikaw, sekwenza u jannotaw aktar minn 190 speċi NTM.
Permezz ta 'teknoloġija ta' amplifikazzjoni tal-PCR multiplex immirata, il-ġeni tal-ġenotipar u l-ġeni reżistenti għall-mediċini ta 'Mycobacterium ġew amplifikati permezz ta' PCR multiplex, u ġiet miksuba l-kombinazzjoni amplicon ta 'ġeni fil-mira li għandha tiġi skoperta. Il-prodotti amplifikati jistgħu jinbnew f'libreriji ta 'sekwenzar ta' throughput għolja jew tat-tielet ġenerazzjoni, u l-pjattaformi kollha ta 'sekwenzar tat-tieni ġenerazzjoni u tat-tielet ġenerazzjoni jistgħu jiġu soġġetti għal sekwenzar ta' fond għoli biex tinkiseb l-informazzjoni tas-sekwenza tal-ġeni fil-mira. Meta jitqabblu mal-mutazzjonijiet magħrufa li jinsabu fid-database ta 'referenza integrata (inkluż il-katalgu tal-mutazzjoni tal-kumpless tal-Mycobacterium WHO Mycobacterium u r-relazzjoni tiegħu mar-reżistenza għall-mediċina), ġew determinati l-mutazzjonijiet relatati mar-reżistenza għall-mediċini jew is-suxxettibilità ta' mediċini kontra t-tuberkulożi. Magħquda mas-soluzzjoni tat-trattament tal-kampjun sputum miftuħ minnha nnifisha ta 'makro u mikro-test, il-problema ta' effiċjenza ta 'amplifikazzjoni ta' aċidu nuklejku baxx ta 'kampjuni ta' sputum kliniku (għaxar darbiet ogħla minn dik tal-metodi tradizzjonali) ġiet solvuta, sabiex is-sekwenzar tar-reżistenza għall-mediċina jista 'jkun Applikata direttament għal kampjuni ta 'sputum kliniku.
Firxa ta 'skoperta ta' prodotti
34ġeni relatati mar-reżistenza għall-mediċina ta '18Drogi kontra t-tuberkulożi u6Ġew osservati mediċini NTM, li jkopru297siti ta 'reżistenza għall-mediċina; Għaxar tipi ta 'tuberkulożi ta' Mycobacterium u aktar minn190Ġew osservati tipi ta 'NTM.
Tabella 1: Informazzjoni ta '18 + 6 Drogi + 190 + NTM
Vantaġġ tal-prodott
Adattabilità klinika qawwija: Il-kampjuni ta 'sputum jistgħu jiġu skoperti direttament ma' aġent ta 'awto-likwidu mingħajr kultura.
L-operazzjoni sperimentali hija sempliċi: l-ewwel rawnd ta 'operazzjoni ta' amplifikazzjoni huwa sempliċi, u l-kostruzzjoni tal-librerija titlesta fi 3 sigħat, li ttejjeb l-effiċjenza tax-xogħol.
Ittajpjar komprensiv u reżistenza għall-mediċini: li jkopru s-siti tat-tajping u tar-reżistenza għall-mediċina ta 'MTB u NTM, li huma l-punti ewlenin ta' tħassib kliniku, ittajpjar preċiż u sejbien ta 'reżistenza għall-mediċini, appoġġ ta' softwer ta 'analiżi indipendenti, u ġenerazzjoni ta' rapporti ta 'analiżi bi klikk waħda.
Kompatibilità: Kompatibilità tal-Prodott, tadatta għall-pjattaformi ILM u MGI / ONT mainstream.
Speċifikazzjoni tal-prodott
Kodiċi tal-Prodott | Isem tal-Prodott | Pjattaforma ta 'sejbien | Speċifikazzjonijiet |
HWTS-NGS-T001 | Kit tal-Ittajpjar Mycobacterium u Sejbien tar-Reżistenza għall-Droga (Metodu ta 'Amplifikazzjoni Multiplex) | Ont 、 Illumina 、 Mgi 、 Salus Pro | 16 / 96rxn |
Ħin ta 'wara: Jan-23-2024